یکی از وظایف محوله به دانشگاه علوم پزشکی مجازی طراحی و راه اندازی ساختار ارزشیابی و اعتباربخشی مراكز آموزش مجازی دانشگاه های علوم پزشکی کشور است. در همین راستا کارگروه تخصصی ویژه ای برای این امر تشکیل شد. اگر چه رویکردهای متعددی برای ارزشیابی مراکز ارائه کننده و برنامه های آموزش مجازی وجود دارد ولی رایجترین روش ارزشیابی که در کشورهای مختلف استفاده میشود رویکرد ارزشیابی مبتنی بر نظر خبرگان است و رایجترین الگو مورد استفاده در جهان، الگوی اعتباربخشی می باشد. مشهورترین و کاربردی ترین استانداردها به طور گسترده در سیستم های اعتبار بخشی مورد استفاده قرار می گیرند. رعایت این استانداردها که هم میتواند حداقل ها را معرفی کند و هم وضعیت مطلوب را ارائه دهد در بسیاری از کشورهای جهان به عنوان پیش نیاز فعالیت های مراکز آکادمیک منظور می شود.

اساس اعتباربخشی قضاوت تخصصی گروهی از خبرگان حوزه مورد ارزشیابی در مورد کیفیت برنامه یا سازمان ارائه کننده برنامه است و از اصلی ترین مشخصه های آن میتوان به موارد زیر اشاره کرد:

1. در این رویکرد، یک ساختاری سازمانی مشخص، متولی انجام ارزشیابی های ادواری است.2. در این رویکرد استانداردهای مدون و مكتوبی به کار میرود.3. این ارزشیابی، در برنامه زمانبندی از قبل تعیین شده انجام میشود.4. در این رویکرد از نظرات خبرگان برای قضاوت در مورد کیفیت سازمان و برنامه ها استفاده میشود. 5. در این الگو نتایج حاصل از ارزشیابی بر سرنوشت واحد مورد ارزشیابی تاثیرگذار است. 

اعتباربخشی به دو دسته عمده تقسیم میشوند. اعتباربخشی موسسه ای (institutional) و اعتباربخشی برنامه های تخصصی (program). بدیهی است در ارزشیابی مراکز آموزش مجازی کشور، استانداردهای موسسه ای (مربوط به مراکز) و استانداردهای برنامهای (مربوط به برنامه های مجازی) به صورت توامان اهمیت داشته و باید مد نظر قرار گیرند. مراحل اصلی اعتباربخشی مراکز آموزش مجازی عبارتند از: 1. طراحی و استقرار ساختار اعتباربخشی 2. تدوین و اعلام استانداردهای اعتباربخشی 3. انجام ارزیابی درونی توسط مراکز ارائه کننده برنامه و تکمیل پرسشنامه های اولیه 4. جمع آوری اطلاعات از مرکز ارائه کننده برنامه و تهیه گزارش ارزشیابی 5. ارائه گزارش به پانل تخصصی تصمیم گیرنده 6. تصمیم گیری نهایی و صدور حکم توسط پانل تخصصی 7. تنفیذ احکام در عالی ترین مرجع ذیصلاح و ابلاغ به مراکز مربوطه 

به دنبال تشکیل جلسات تخصصی مختلف و بررسی ساختار اعتباربخشی و استانداردهای آنها در کشورهای مختلف، پیش نویس اولیه این ساختار به همراه مجموعه استانداردهای اعتباربخشی مراكز آموزش مجازی و برنامه های مجازی تدوین شد. لازم به ذکر است که این پیش نویس در کمیته بزرگتری مورد بازبینی قرار خواهد گرفت و سپس برای تمامی دانشگاه های علوم پزشکی کشور در مناطق ده گانه آمایشی به منظور نظرسنجی ارسال خواهد شد.