با توجه به نوپا بودن دانشگاه علوم پزشکی مجازی و لزوم راه اندازی و توسعه موازی زیربناهای نظری و عملی آن کارگروه هایی تخصصی تشکیل شد. نتایج فعالیت های این کار گروه ها به طور مستقیم در ساختار و برنامه های کوتاه مدت و بلند مدت دانشگاه استفاده خواهد شد. این کار گروه ها عبارتند از: - كارگروه مطالعه تطبيقي آموزش مجازي و رشته هاي مجازي - كارگروه آموزش هاي كوتاه مدت و پودماني فضاي مجازي - كارگروه پورتال ملي آموزش مجازي كشور - كارگروه اعتبار بخشي و ارزشيابي مراكز آموزش مجازي - كارگروه زير ساخت هاي فني و سخت افزاري - كارگروه همكاري هاي بين المللي در فضاي مجازي اعضای این کارگروه ها را اساتید دانشگاه های علوم پزشکی دارای تجربه در حوزه آموزش مجازی از سراسر کشور تشکیل می دهند.